Niebezpiecznym powikłaniem może być zaostrzenie przebiegu astmy, mukowiscydozy oraz Przewlekłej Obturacyjnej Choroby Płuc (POChP). W przypadku dzieci, powikłania mogą prowadzić do zapalenia ucha środowego bądź zapalenia oskrzelików, często wymagających leczenia w szpitalu.

Bardzo poważnym powikłaniem jest zapalenie mięśni, w tym mięśnia sercowego. Zapalenie to wywołują wirusy grypy typu A i B. Powikłanie to jest szczególnie niebezpieczne u osób ze schorzeniami układu sercowo-naczyniowego oraz z niewydolnością nerek. Zapalenie mięśnia sercowego może prowadzić do jego niewydolności, a w ostateczności do śmierci pacjenta.